Der FC Pipinsried wurde 1967 gegründet. Nach Jahren in den unteren Ligen des Fußballkreises Aichach begann Ende der 1970er Jahre unter Präsident Konrad Höß der kontinuierliche Aufstieg. 1989 stieg der Verein erstmals in die Landesliga auf.

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Nach dem ersten Abstieg 1993 gelang 1999 die Rückkehr in die damals fünftklassige, ab 2012 nur noch sechstklassige Landesliga. Dieser Spielklasse gehörte der kleine Verein dann 14 Jahre ununterbrochen an. In den Jahren in der Landesliga spielte Pipinsried unter anderem gegen den späteren Zweitligisten SV Wacker Burghausen, aber auch gegen ehemalige überregional erfolgreiche Vereine wie den FC Wacker München, den MTV Ingolstadt oder den TSV Schwaben Augsburg. 2013 sicherte sich der Verein unter Spielertrainer Tobias Strobl (früher beim FC Ingolstadt 04 aktiv) die Meisterschaft und den erstmaligen Aufstieg in die Bayernliga, nach der Ligenreform 2012 nur noch fünfthöchste deutsche Spielklasse.

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In der Bayernliga Süd etablierte sich der Verein als Aufsteiger sofort im oberen Tabellendrittel und erhielt als Dritter der Saison 2013/14 sogar die Chance, weiter in die Regionalliga Bayern aufzusteigen.[1] In den Aufstiegsspielen zur Regionalliga unterlag der FC Pipinsried jedoch dem TSV 1860 Rosenheim nach einem 2:2 im Hinspiel auswärts im Rückspiel mit 0:1. In der Saison 2014/15 nahm Pipinsried nach dem Verzicht des SV Pullach erneut als Tabellendritter an der Relegation zur Regionalliga Bayern teil und scheiterte in der ersten Runde am Regionalliga-16., dem VfR Garching.

In der Saison 2016/17 stieg man erstmals in die Regionalliga auf. Der FC Pipinsried besiegte in der Relegation die zweite Mannschaft der SpVgg Greuther Fürth nach einem 1:1 im Heimspiel auswärts durch ein 3:2 nach Verlängerung.

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Nach zwei Jahren in der höchsten Amateurliga Bayerns musste Pipinsried wieder den Gang in die fünftklassige Bayernliga antreten. Zur Saison 2021/22 spielt der FC Pipinsried wieder in der Regionalliga Bayern. Wiederum nach zwei Jahren stieg man 2023 als Tabellenletzter ab.

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